pigulka
Sekwencja odgrywa istotną rolę w zapoczątkowaniu replikacji wirusowego RNA. Do białek strukturalnych należą: białko rdzeniowe, które w postaci nukleokapsydu otacza RNA w cząstce wirusa, oraz dwa białka osłonki pokrywające nukleokapsyd. Białka niestrukturalne to wirusowa proteaza odpowiedzialna za rozszczepienie poliproteiny i enzymy odpowiedzialne za syntezę składników wirusowego RNA (trifosfatazę), kopiowanie RNA (polimerazę) oraz rozwijanie nowo utworzonej nici kwasu nukleinowego (helikazę). Proteaza i helikaza zostały dobrze poznane, a ich trójwymiarowa struktura szczegółowo opracowana na podstawie GENOM HCV składa się z jednego genu zawartego w obrębie nici RNA i jej regionów końcowych. Gen koduje poliproteinę, która następnie ulega rozszczepieniu na wiele mniejszych białek. Niektóre z nich służą do budowy nowych cząstek.